在生物學系統中，次氯酸可被視為白細胞例如中性粒細胞和單核細胞產生的毒性最強、豐度最高的氧化劑。次氯酸作為一種極強的氧化劑，可迅速攻擊多種生理學相關的分子，包括硫醇、硫醚、胺類、氨基酸、核苷酸、抗壞血酸和多烯酸 。同時，次氯酸可生成反應性非常高的其他氧化劑，例如與H2O2和超氧陰離子反應可分別生成單線態氧和羥基自由基 。 
次氯酸作為消毒劑，被廣泛用于物體表面、織物等污染物品以及水、果蔬和食飲具等的消毒。除上述用途外，次氯酸還可用于室內空氣、二次供水設備設施表面、手、皮膚和黏膜的消毒。

次氯酸消毒液：近人體酸堿度PH值，溫和無刺激，無色無味，可直接接觸皮膚，老幼、孕婦、敏感肌皆適宜。在2019年4月開始實施的中華人民共和國國家最新標準（GB/T36758-2018）中，唯一明確次氯酸可以進行空氣消毒，直接接觸人體手、皮膚、黏膜。